N1a 子窗口完成报告：骨架 + 数据层（窗口 N · 1/5）
窗口：N-a（execution-plan §六.十八 1-3）｜日期：2026-08-19
依据：demo-redesign-design v0.3（§1.3/§4/§5/§6/§7/§10）+ demo-n-window-ledger
§2.1/§3（冻结验收清单）+ handoff-design-hub §六.7（推送纪律）
验收方式：demo 设计中枢独立验收（不轻信自检：实跑 + 数字独立重算 + git 检查）
1. 交付总览
| 项 |
内容 |
| 新目录 |
demo/（app.py / theme.css / components.py / data_index.py / pages×4 / data×9 / scripts×2） |
| 修改文件 |
pyproject.toml（ui extra 锁 <2；新增 demo extra；ruff exclude demo/data） |
| 零改动 |
src/、tests/、ui/（git diff 确认） |
| 数据层 |
demo/data/ 9 个文件，全部带 provenance，全库无 Windows 绝对路径 |
| 提交 |
单 commit，只含上述文件（推送纪律 §六.7） |
2. execution-plan §六.十八 打勾
3. 台账 §3 冻结验收清单逐项核对
| # |
验收项 |
结果 |
证据 |
| 1 |
结构齐全 + ui/ 零改动 |
✅ |
demo/ 树见 §4；git status 仅 M pyproject.toml + ?? demo/ |
| 2 |
pyproject 落 streamlit>=1.31,<2 |
✅ |
pyproject.toml:31-34（ui + demo 两 extra） |
| 3 |
提炼脚本可运行 → provenance + 无绝对路径 + 63.7 基准副本 |
✅ |
python demo/scripts/export_demo_data.py exit 0；verify §5.4 扫描无命中；windowL_10X_B_expected.json provenance.source=windowL_10X_B_expected.json |
| 4 |
数字核对（独立重算） |
✅ |
python demo/scripts/verify_demo_data.py 全 [OK]，核对表见 §5 |
| 5 |
可启动：四页路由 + 启动校验中文提示不崩溃 |
✅ |
AppTest 四页切换无异常；缺 manifest/指纹不匹配两场景均中文提示（含 export_demo_data.py）不崩溃；服务器 HTTP 200；截图确认单组导航 + 深色主题 + 无 Deploy |
| 6 |
pytest 全绿 + golden 0 差异 + 推送纪律 |
✅ |
pytest 269 passed；bio-audit golden --json diffs=[]；push 前四查见 §8 |
| 7 |
skill 应用：design-taste-frontend + code-review 双轴 |
✅ |
设计语言见 §6.1；双轴审查闭环见 §7（报告落盘本节） |
| 8 |
N1a 报告 + execution-plan 打勾 |
✅ |
本文件；execution-plan §六.十八 N-a 1-3 已勾 |
4. 交付文件清单
demo/
├── app.py # 入口：主题注入 + 启动数据校验 + 侧边栏导航 + 条件渲染
├── theme.css # 深色审计台（§4 token；data-testid 注入；隐藏自动导航/Deploy）
├── components.py # Cascader/GroupSelect/Multi-select/SplitButton 骨架签名（N-b 实现）
├── data_index.py # demo/data 索引 + verify_data_ready 启动校验
├── pages/ # 四页空壳（render() + 标题占位 + N-b~N-d 填充注释）
│ ├── 01_workshop.py # 审计工坊（N-b）
│ ├── 02_capture.py # 采集演示（N-c）
│ ├── 03_benchmark.py # 评测与奖励（N-d）
│ └── 04_about.py # 关于（N-d）
├── scripts/
│ ├── export_demo_data.py # 提炼脚本（cellvoyager-outputs → demo/data/，provenance 化）
│ └── verify_demo_data.py # 独立数字核对脚本（源重读 vs 摘要比对）
└── data/ # 提炼摘要（export 生成；运行时唯一数据源）
├── manifest.json # 指纹 + 来源登记（启动校验依据）
├── golden_summary.json # 黄金对照 ×5（windowI A/B/C + windowL 10X A/B_expected）
├── eval_summary.json # 真实评测 ×2（G 30.0 K1 重评 / Lb 30.0）
├── benchmark_summary.json # benchmark 摘要（recall/precision/F1/gap/IRR κ）
├── r0_summary.json # R0 锚定（ρ=0.9747）
├── trajectories_index.json # 20 条轨迹索引（golden 基线分数）
├── verdicts_10X_B.jsonl # M1 声明重建输入（N-c）
├── golden_agent_10X_B_executed.py # M3 解析输入（N-c，sanitize 后副本）
└── windowL_10X_B_expected.json # 63.7 断言基准（N-c，provenance 保留 source）
5. 数字核对表（独立重算：verify_demo_data.py 从源报告重读 vs demo/data）
| 口径 |
设计 §1.3 钉死值 |
demo/data 摘要 |
源报告重读 |
一致 |
| 黄金 A（Smart-seq2，I） |
80.0 · pass |
80.0 · pass（10 决策） |
windowI_A.json audit |
✅ |
| 黄金 B（Smart-seq2，I；J 后重评） |
63.0 → 69.0 · needs_correction |
69.0 · needs_correction（原始 63.0·blocked 并存） |
windowI_B.json = 63.0·blocked；J1 报告锚点 69.0·needs_correction |
✅ |
| 黄金 C（Smart-seq2，I） |
66.7 · needs_correction（仅限 Smart-seq2-C 口径） |
66.7 · needs_correction（10 决策） |
windowI_C.json audit |
✅ |
| 黄金 A（10X，L） |
80.0 · pass（11 决策含双联体） |
80.0 · pass（11 决策） |
windowL_10X_A.json audit |
✅ |
| 黄金 B（10X，expected_types 后） |
63.7 · blocked（仅限 10X-B expected 口径） |
63.7 · blocked（11 决策） |
windowL_10X_B_expected.json audit |
✅ |
| CellVoyager 真实评测（G，K 后重评） |
30.0 · needs_correction（L1×19/L3×1） |
30.0 · L1×19/L3×1（K1 重评）+ 注 G-2 版 L1×7/L3×1/L-1×12 |
windowK1_reeval.json level_counts |
✅ |
| CellVoyager 短评测（L-b） |
30.0 · needs_correction（L1×4/L2×1） |
30.0 · L1×4/L2×1（5 决策） |
windowLb_analysis.json audit |
✅ |
| demo 轨迹 20 条 |
85.0×6 / 60.0·pass / 29.0 等 |
索引 20 条，85.0×6、scrna_edge_singleanno 60.0·pass、scrna_melanoma_cellvoyager 29.0·blocked |
golden 基线（tests/golden）逐条比对 + 抽查 3 条 |
✅ |
| benchmark |
recall 0.820 / precision 0.7455 / F1 0.7810 / gap +0.046（M 后 0.0449 注明） |
0.82 / 0.7455 / 0.7810 / 0.046 + delta_after_m 0.0449 |
benchmark_run_baseline.json aggregate/gap（utf-8-sig） |
✅ |
| IRR |
κ=0.8336（出处 F1 报告） |
κ=0.8336 / α=0.8335 / 623 决策 / 93.58% |
F1 报告锚点正则解析（”全量 60 合并 IRR κ=”） |
✅ |
| R0 |
ρ=0.9747（scrna_r0.json K/M 后版本） |
key_metric 含 0.9747 · PASS |
scrna_r0.json |
✅ |
口径分列注释（防混写）：golden_summary.json 条目 note 字段——63.7 条目标注
“仅限 10X-B expected 口径（静默跳过双联体被补入），禁止与 66.7 混写”；66.7 条目
标注”仅限 Smart-seq2-C 口径（QC 硬阈值），禁止与 63.7 混写”；eval_summary 标注
“29/30 双口径页内注释见 N-b（demo-redesign-design §3.2）”。
5.1 N-d 增补（2026-08-19 · demo/data 增补提炼，台账 §12.1 精神）
窗口 N-d 经 export 脚本重提炼增补（未手改数据文件；重跑后 exported_at 更新、
其余数值零变化，verify 11 节全 [OK]）：
| 增补项 |
内容 |
出处（提炼锚点） |
一致 |
| eval_summary 成本 |
cellvoyager_g ¥2.55（平台余额差权威口径）/ cellvoyager_lb ¥0.43（同上） |
agent-eval-report.md §2（总花费 ¥2.55）+ L1 报告 §7.2（余额差 ¥0.43） |
✅ |
| reward_summary.json（新文件） |
映射 {4:1.00,3:0.85,2:0.60,1:0.30,0:0.00} + L-1 mask 语义 + 聚合 mean/γ=0.30 + spike-in 三范式（scrna 0.85→0.2354 drop 0.6146 / deg 0.85→0.2125 drop 0.6375 / pan 0.85→0.2400 drop 0.6100）+ status experimental_uncalibrated |
reward-mapping.md §2/§3/§5/§6 逐行锚点 + E4 报告 §三.9 + reward-protocol §七.2 |
✅ |
| engineering_summary.json（新文件） |
n_tests=274（pytest –collect-only -q 实测）+ CI 双矩阵 + golden 0 差异口径 |
pytest 实收集（与 N-c 验收 274 passed 一致）+ ci.yml + golden 基线 |
✅ |
| data_index.REQUIRED_FILES |
+2 文件（reward/engineering） |
manifest 指纹自检通过 |
✅ |
demo/data 由 9 → 11 个摘要/副本文件（含新增 2 个）；N-d 页面全部数字读
demo/data 提炼摘要，页面零硬编码（数字核对表见 N1d 报告 §数字核对表）。
6. 关键实现说明
6.1 设计语言（design-taste-frontend 执行记录）
- 配色：深蓝黑底 #0f1115 + 面板 #1a1d24 + 细边框 #2a2f3a；琥珀 #f59e0b 仅作
选中态/焦点（面积 <10%）；青 #22d3ee 作版本徽章；verdict 绿/黄/红有语义。
- 字体：等宽栈（JetBrains Mono → Windows 落 Consolas）用于分数/徽章/品牌；
中文混排行高 1.6 + word-break。
- 布局：侧边栏固定导航（radio 定制为块级按钮，选中态 = 琥珀左边条，无发光
无放大）+ 顶部横幅（品牌 + 三元组版本徽章 + 当前页名）+ 主区流式；8px 网格、
圆角 10px。
- AI 模板感自检：无渐变/彩虹文字、无 emoji 堆砌、无对称三栏复制、圆角克制、
动效 150ms ease-out + prefers-reduced-motion。
6.2 导航与条件渲染（1.31 兼容）
- 侧边栏
st.radio 页级导航（key=”page” 持久化）+ if/elif 条件渲染调用
pages 模块 render()；不用 st.tabs 承载整页（设计 §3.1）。
- Streamlit 自动 multipage 导航（pages/ 扫描）与默认 Deploy 按钮由 theme.css
隐藏（data-testid 选择器——正是版本锁定
>=1.31,<2 的动机）。
- pages/ 文件双模：被 app.py import 时提供 render()；被 multipage 直接执行时
__main__ guard 自渲染（兜底）。
6.3 数据层（provenance 化）
- 全部分数从源产物读取提炼；数字锚点断言仅作防漂移护栏（源值变化 → 脚本报错
退出，不静默写坏数据）。
- 剥离 Windows 绝对路径：提炼只取白名单字段 + 递归 sanitize +
_final_scan
全输出扫描（含 D:\/C:\ 即失败）；executed.py 副本中 2 处路径替换为
<absolute-path-stripped> 占位（不影响 M3 正则解析）。
- 自包含性：demo 运行时只读 demo/data/ + bioaudit 包内资产；启动校验 manifest
指纹，缺失给中文提示（”请先运行
python demo/scripts/export_demo_data.py“）
不崩溃。
6.4 provenance 字段示例（windowL_10X_B_expected.json 提炼副本）
{
"provenance": {
"source": "windowL_10X_B_expected.json",
"source_sha256": "87b3f0ca65f0b8c14117aa84609ee21b677ed768139b85d6398cf7eec69f8dba",
"generated_at": "2026-08-16T23:05:11",
"exported_at": "2026-08-19T12:31:24+00:00",
"note": "63.7 断言基准提炼副本（demo-redesign-design §6；N-c 断言读本副本）"
}
}
7. 双轴代码审查（code-review skill，两轴独立子代理并行）
审查员 A（Standards 轴，构建质量）与审查员 B（Spec 轴，是否做了该做的）
独立运行、分开展示、不合并裁决；意见闭环如下（采纳/驳回逐条记录）。
7.1 Standards 轴 findings 与闭环
| # |
严重度 |
finding |
闭环决议 |
| S1 |
建议-高 |
设计文档悬空引用：demo docstring 引用的 docs/specs/2026-08-16-demo-redesign-design.md 不在仓库内 |
驳回（与仓库惯例一致）：src/ 的 regression.py、ontology/init.py、capture/models.py 等均以 docs/specs/*.md 引用外部审计内存文档（site-design §1.2 明示外部文档不进 Pages 不动路径）；docstring 引用是既有模式 |
| S2 |
建议-中 |
benchmark 摘要 n_decisions=623 / agreement=0.9358 硬编码无防漂移锚点 |
采纳：export 改为从 F1 报告正则解析（”全量 60 合并…（623 决策，一致率 93.58%）”）+ 锚点断言；verify 同步核对 |
| S3 |
建议-中 |
sanitize 内容破坏：expected_types.config 引用身份被抹；executed.py 副本不可执行；错误消息被吞截 |
采纳：config 改为包内相对引用 src/bioaudit/data/expected_types.yaml（保留身份）；executed 副本 manifest 注明”解析专用副本（M3 输入，不执行）”；正则收紧为 ≥2 级反斜杠路径——failed:\n 不再误判（L222 错误消息完好） |
| S4 |
建议-中 |
verify 未核对变换最大的两个 N-c 副本（verdicts jsonl / executed.py） |
采纳：verify 增补逐字节/逐行与源比对（verdicts 25 行语义一致；executed == 源剥离后逐字节一致；占位符 1 处） |
| S5 |
建议-低-中 |
verify 是”独立重读”而非”独立重算”，与 export 共享锚点；缺源时裸 FileNotFoundError |
部分采纳：docstring 措辞改”独立重读核对”并说明护栏语义；补 src.exists() 显式报错（exit 2） |
| S6 |
建议-低 |
_WIN_PATH 盲区（正斜杠/UNC）+ 护栏共用同一正则”自己验证自己” |
部分采纳：正则升级覆盖 UNC；正斜杠形态刻意不支持——https:// 的 s:// 与盘符正斜杠无法区分（实测曾误毁 PubMed URL，已回滚；源产物实测无正斜杠路径形态，留档 §9） |
| S7 |
建议-低 |
输出非确定性（exported_at 每次变化 → git 噪声） |
驳回（provenance 语义）：exported_at 时间戳是台账要求的 provenance 字段（source/sha256/generated_at/exported_at）；重复导出产生新时间戳是预期行为，manifest 同步更新；N 窗口只导出一次 |
| S8 |
吹毛求疵 |
_report_anchor 死代码；Counter 函数内导入；app.py next() 无默认值 + main() 无 guard；data_index manifest 损坏裸崩/缺指纹静默放行；pyproject 注释误导；双份清单漂移；f-string 无插值；eval level 键类型不一致；verify 跳过 windowI_B 决策数；groups_for_paradigm(None) 未文档化；精度断言不一致 |
全部采纳：逐一修复（删死代码 / 顶部导入 / next 默认值 + __main__ guard / manifest JSONDecodeError 容错 + 缺 sha256 报问题 / 注释修正 / OUT_FILES 与 REQUIRED_FILES 共享单一事实源 / 去 f 前缀 / level 键统一字符串 / 补决策数核对 / docstring 补未选态语义 / 统一 1e-9） |
7.2 Spec 轴 findings 与闭环
| # |
严重度 |
finding |
闭环决议 |
| A1 |
建议 |
台账 §3.7 冻结项：code-review 双轴审查报告未闭环落盘 |
采纳：本节（7.1/7.2/7.3）即闭环记录，报告随本次提交落盘 |
| B1 |
建议 |
export 的 manifest 来源登记为死代码（capture 键无扩展名 vs files 键有扩展名，永不命中） |
采纳：capture 返回键改为文件名；manifest 实测含 N-c 三副本的 source/source_sha256 |
| B2 |
建议 |
报告 commit/push 表述超前 + CI 云上绿未验证 |
采纳：push 后按三查复核 + 记录 CI 云上绿（见 §8） |
| B3 |
建议 |
export/verify 脚本含 DEFAULT_SOURCES 绝对路径，台账 §3.3”全库”字面不满足 |
驳回（口径说明）：台账”全库 grep 无 Windows 绝对路径”指提炼产物（demo/data，扫描 NONE）；脚本默认源路径是 dev 工具输入参数（–sources 可覆盖、docstring 明示），非数据内容 |
| C1 |
吹毛求疵 |
pages 引用的 .ba-page-title/.ba-page-sub 未在 theme.css 定义（空挂类名） |
采纳：theme.css 补定义（标题/副标题排版） |
| C2 |
吹毛求疵 |
报告 §6.4 provenance 示例时间戳过期 |
采纳：刷新为最新导出值（2026-08-19T12:31:24+00:00） |
| C3 |
吹毛求疵 |
台账 §1 状态表仍标 N-a ⏳ 未开工 |
转交：台账状态由 demo 设计中枢验收后更新（职责归中枢，不属执行窗口） |
| C4 |
吹毛求疵 |
清单外附加文件 pages/init.py 与 verify_demo_data.py |
说明：均已列入报告 §4 交付清单；pages/init.py 为 importlib 包导入所需，verify_demo_data.py 为独立核对工具 |
7.3 闭环后最终验证
- ruff check demo/ → 0 错误（data/ 生成产物 exclude）
- export_demo_data.py 幂等重跑 exit 0 → verify_demo_data.py 全 [OK] exit 0
- AppTest 四页回归通过；verdicts 副本 PubMed URL 完好（正则误伤已回滚）
- pytest 269 passed；
bio-audit golden --json diffs=[]（见 §8）
8. 工程纪律核对
8.1 CI 云上结果
- run
32253399493（push 3400ca3）success：双矩阵 pytest+golden (Python 3.10) +
pytest+golden (Python 3.12) 均绿（含 pytest 全套、golden replay 137 决策 0 diff、
本体/规则/benchmark/reward 闸门、scrna_r0 数据管线锚定）；ruff 非门禁（|| true）
- Pages build
32253398916 随 push 触发（docs 站重建，index.md 登记 N1a）
9. 遗留与说明（给后续子窗口）
- 冷启动耗时：N-a 实测——AppTest 全流程（含 import bioaudit + 规则加载）
单次 run ~1-2s 内完成，
streamlit run 冷启动含服务器启动 ~5s；满足设计
§3.2 冷启动 ≤10s 预算，加载态按台账 §5 待 N-e 收口实测记录。
- components.py 为签名骨架（N-b 实现）：Cascader 三级联动 / Multi-select
≤3 / Split Button；占位方法显式 NotImplementedError，不允许静默占位混入。
- CI streamlit 依赖：N-c 的 test_demo_smoke 上 CI 前需同步 CI 依赖
（台账 §2.2：CI 不装 streamlit；demo extra 已就绪）。
- 69.0 重评分：源 windowI_B.json 现值为 63.0·blocked（I 窗口实测），
69.0·needs_correction 为 J 窗口重评（J1 报告，K1 复核不变）——摘要中
双值并存 + provenance note 说明，防第三套数字。
- G 评测 30.0 双版本：G-2 版（L1×7/L3×1/L-1×12，ruleset 1.2.0）与 K1 版
（L1×19/L3×1，ruleset 1.5.0）同分；摘要以 K1 后重评为准并注明差异（台账
§2.1 口径）。
- 正斜杠盘符形态不支持：
_WIN_PATH 刻意不匹配 C:/dir 形态——https://
的 s:// 与正斜杠盘符无法用正则区分（实测曾误毁 PubMed URL 后回滚）；
源产物实测无反斜杠以外形态（N1a 验证 §8 扫描 NONE）。若未来源数据出现
正斜杠盘符路径，需改用结构化解法（白名单字段剥离）而非扩展正则。
- executed.py 副本为解析专用：仅 1 处占位符（
--rscript 默认值），
副本不执行（N-c 仅 M3Parser.parse_code 正则解析）；manifest 已注明。
- execution-plan 打勾：§六.十八 N-a 1-3 已勾（仓库外文档
D:\C-file\docs\specs\2026-08-13-execution-plan-v1.md，不随本仓库 push）。
- 台账状态表（demo-n-window-ledger.md §1）：N-a ⏳ → ✅ 由 demo 设计
中枢验收后更新（验收记录归中枢职责）。