B6 完成报告（阶段 1 · 回归 CI）— 2026-08-14
执行窗口 ⑦ · B6：golden 接入 CI + 漂移报告 + 依赖锁定 + 双版本矩阵 + R0 脚本迁移。 依据：execution-plan-v1（§六.五 B6 验收清单 6 项，冻结）、refactor-plan-v1.1 （C4/H3/H8）、B1 迁移报告 §五遗留 1（generate_scrna_r0.py 迁移）。 验收对照见文末 §七（逐条打勾）。
一、产出清单
.github/workflows/ci.yml # ★ CI：Python 3.10/3.12 矩阵 + pytest + golden +
# ruleset-validate + validate-ontology + R0 锚定 + 漂移 artifact
requirements.lock # ★ 运行时依赖锁（pip-tools，Python>=3.10 解析）
requirements-dev.lock # ★ dev+scripts 依赖锁（numpy 2.2.6 / scipy 1.15.3 保 3.10 兼容）
scripts/generate_scrna_r0.py # ★ fullflow-demo 迁移 + 包内锚定（B1 遗留 1）
README.md / CONTRIBUTING.md # CI 门禁与规则变更流程文档化
二、B6-1 golden 接入 CI（失败即红）
.github/workflows/ci.yml（on: push/PR，[main, master]）：
- name: Golden replay（20 轨迹 137 决策，失败即红；C4）
run: |
bio-audit golden --json > golden-summary.json || { echo "::error::GOLDEN DIFF — 分数漂移必须逐条人工确认（v1.1 C4）"; cat golden-summary.json; exit 1; }
bio-audit golden（=python scripts/golden_replay.py，B1 已有）exit 0/1； CI 步骤失败 → job 红 → PR 不可合并（C4/D1”失败自动回退”）。- 同一 job 还跑
bio-audit ruleset-validate --json（B5 三闸）与bio-audit validate-ontology --json（P1 三职责）——规则/本体/引擎全部门禁。
三、B6-2 漂移报告机制
bio-audit golden --json输出的 summary 即结构化 diff 摘要： n_diffs + 每条 diff 的trajectory/step_id/kind/expected/actual（覆盖轨迹分数、verdict、dimension_scores 与逐决策 step_scores）。- CI：summary 写入
golden-summary.json→actions/upload-artifact@v4（if: always()，通过也留档；命名golden-summary-<python 版本>）→ diff ≠ 0 时 job 红，必须人工确认（C4：漂移逐条解释 + 更新基线）。 - 本地等价命令：
python scripts/golden_replay.py（0 差异打印 GOLDEN OK）。
四、B6-3 依赖锁定（lockfile 提交仓库）
pip-compile（pip-tools 7.6.1）从 pyproject.toml 生成：requirements.lock：运行时（pydantic 2.13.4 / pyyaml 6.0.3 + 传递依赖，6 包）requirements-dev.lock：dev + scripts extra（pytest 9.1.1 / ruff 0.16.3 / numpy / scipy + 传递依赖，16 包）
- Python 3.10 兼容约束：numpy<2.3 / scipy<1.16 → 锁定 numpy 2.2.6 / scipy 1.15.3（2.3+/1.16+ 要求 Python≥3.11，会破坏 3.10 矩阵；已 dry-run 验证可安装）。
- UI extra（streamlit）不入 CI 锁（CI 不装 UI；文件头注明可按需单独生成 ui.lock）。
- CI 安装：
pip install -r requirements.lock -r requirements-dev.lock && pip install -e .； pyprojectrequires-python = ">=3.10"已有（H8）。
五、B6-4 CI 双版本矩阵（Python 3.10 / 3.12）
strategy:
fail-fast: false
matrix:
python-version: ["3.10", "3.12"]
两版本各跑：安装（锁依赖）→ validate-ontology → ruleset-validate → pytest →
golden（失败即红）→ 漂移 artifact → R0 锚定。fail-fast: false：一版失败不取消另一版。
本地仅 3.12 可实测（86/86 绿）；3.10 由 lockfile 兼容约束 + CI 矩阵覆盖。
六、B6-5 generate_scrna_r0.py 迁移 + 包内锚定（B1 遗留 1）
fullflow-demo/scripts/generate_scrna_r0.py → bio-audit-v2/scripts/：
| 变更点 | 旧 | 新 |
|---|---|---|
| 引擎导入 | sys.path hack + from src.engine... |
from bioaudit.engine...（包安装） |
| 规则目录 | RuleRegistry("data/rules/scRNA")（cwd 依赖） |
RuleRegistry(rules_dir_for("scrna"))（包内锚定，F7） |
| 输出路径 | data/validation/scrna_r0.json（cwd 依赖） |
默认 bioaudit.paths.VALIDATION_DIR；--output 可覆盖 |
| 逻辑/seed | 原样保留 | 原样保留（确定性 seed=42） |
锚定验证：cd C:\（异 cwd）运行 → 输出与包内 scrna_r0.json
逐字节一致（SHA256 16f31ff4…，24,089 B）✅——同时证明 D2 裁决
（G1.3 MAST 修订）对 R0 combo_3 S10 评分零影响。CI 增加 R0 锚定步骤：
重生成到 /tmp → 与包内文件哈希比对，不一致即红。
convert_*.py（依赖 5GB 原始数据）与 validate_edge_cases.py 仍留旧仓——
数据管线（H3 下载脚本）托管就绪后迁移，登记 fix-tracking（C13）。
七、验收对照（B6 验收清单 6 项）
| # | 验收项 | 结果 |
|---|---|---|
| 1 | golden_replay 接入 CI（GitHub Actions 或等价本地命令），失败即红 | ✅ .github/workflows/ci.yml：bio-audit golden diff≠0 → exit 1 → job 红；等价本地命令 bio-audit golden |
| 2 | 漂移报告：CI 输出 diff 摘要，有变化必须人工确认 | ✅ golden-summary.json（轨迹分数/逐决策 level 的 expected vs actual）上传 artifact；失败即红=人工确认门槛（C4） |
| 3 | 依赖锁定：lockfile 提交仓库 | ✅ requirements.lock + requirements-dev.lock 提交（pip-tools；3.10 兼容约束） |
| 4 | CI 双版本矩阵（Python 3.10 / 3.12）跑 pytest + golden | ✅ matrix [“3.10”,”3.12”]：pytest + golden + 校验器 + R0 锚定 |
| 5 | 数据管线锚定：generate_scrna_r0.py 迁移新仓并包内锚定（迁移报告遗留 1） | ✅ scripts/generate_scrna_r0.py（bioaudit 导入 + rules_dir_for + VALIDATION_DIR 锚定）；重生成逐字节一致；CI 锚定步骤 |
| 6 | 回归：CI 全套绿（含 golden 0 差异） | ✅ 本地全套复现：pytest 86/86、ruleset-validate 三闸 PASS、golden 0 差异、R0 重生成一致；3.12 实测，3.10 由矩阵+锁约束覆盖 |
八、遗留项（不阻塞 B6 验收）
- CI 实测：仓库无 git remote，workflow 未在 GitHub 上实跑过；推送到 GitHub 后首跑验收（本地已逐命令复现全部步骤）。
convert_*.py/validate_edge_cases.py迁移依赖 H3 数据下载托管就绪（fix-tracking C13）。ruff check在 CI 为|| true（H13 渐进：当前 lint 噪音未清零，排期阶段 2 收严）。