B2 完成报告（阶段 1 · 本体落地）— 2026-08-13
执行窗口 B · B2：34 决策类型定义 + P1 校验器三职责 + aliases + internal_ref + 引擎接线。 依据：ontology-design-v1（定稿）、refactor-plan-v1.1（A/G/D/P 组裁决）、 diagrams/2026-08-13-decision-type-ontology.md（34 类型图）、execution-plan-v1（§五 快照）。 验收：ontology 目录完整 + 校验器三职责可运行 + 引擎读本体 + golden 0 差异（137 决策）。
一、产出清单
src/bioaudit/ontology/ # ★ 本体（单一事实源，包内锚定）
├── paradigms.yaml # 3 范式；bulk-DEG 标注"骨架待补全"（§二.4）
├── stages.yaml # 6 阶段（data-acquisition→conclusion）
├── aliases.yaml # 3 组同源声明（filtering↔qc_filtering、
│ # normalization↔scRNA_normalization、
│ # deg_method 仅 homology_note）
├── input_synonyms.yaml # 匹配通道同义映射（原 type_aliases.yaml 移入）
├── topics.yaml # 8 主题族（一致性/QC/注释/预后/富集/免疫/轨迹/聚类）
├── backlog.yaml # 待补清单（G6 DEG 方向性 + G2 基因组/注释/marker 版本）
├── loader.py # Ontology 加载/查询（加载期结构校验）
├── validator.py # ★ P1 校验器三职责
└── decision_types/ # ★ 34 个决策类型定义（样板 = deg_method）
├── filtering / normalization / deg_method / multiple_testing_correction /
│ significance_threshold # bulk-DEG 5（pan-cancer 超集共享）
├── cbioportal_projection / gsea_background / enrichment_correction /
│ immune_correlation_method / purity_confounding / cox_ph_assumption /
│ events_per_variable / independent_prognostic_claim / ic50_sample_size /
│ expression_survival_consistency / immune_expression_consistency # pan-cancer +11
└── api_data_integrity / qc_filtering / qc_mito_threshold / doublet_detection /
scRNA_normalization / hv_gene_selection / batch_correction / dim_reduction /
pca_dimension / clustering_method / clustering_resolution / trajectory_inference /
trajectory_validation / annotation_method / annotation_validation /
cluster_annotation_consistency / annotation_deg_consistency /
trajectory_annotation_consistency # scRNA +18
引擎接线（本体化，行为等价）：
├── engine/aggregator.py # 删 TYPE_TO_DIMENSION 硬编码 → 本体 dimension
├── engine/error_tracer.py # 默认依赖图 → 本体 depends_on（兼容旧文件参数）
├── engine/matcher.py # 归一化 → 本体 input_synonyms；同源注释
│ # homologous_types + unclassified 标记
├── models/decision.py # ParsedStep + homologous_types / unclassified
├── cli.py # + bio-audit validate-ontology
└── scripts/validate_ontology.py # CLI 薄包装
二、决策类型定义要点（v1.1 裁决逐项落地）
| 裁决 | 落地 |
|---|---|
| A4 | deg_method 样板 design 键 missing: fail-closed（样板原 skip 已改） |
| A2 | 罚分规则（level_0/1 非空）引用的键一律 fail-closed/skip；analysis_type/integration_type/data_source/has_batch 等均按此定档；校验器对 fail-open 键 × 罚分规则做交叉检查（合成违例测试证明可检出） |
| A5 | missing 三档全部使用：fail-closed ×57 / skip ×5 / fail-open ×12（三档语义已声明，引擎运行时强制属 H7 重补轨迹后阶段，不在 B2 改变评分） |
| G1 | 一致性族 5 成员全部带 internal_ref（联合上游决策评分，机制阶段 2+ 落地） |
| G2/G8 | 校验器”流程正推 vs 规则反推”对比：范式声明阶段 vs 类型推导阶段（发现并修正 pan-cancer 声明含 data-acquisition 的不一致）；bulk-DEG 骨架标记持续对照；待补清单 backlog.yaml |
| G3 | unit 键（cell/sample/pseudobulk/生物·技术重复）覆盖 4 个分析单位敏感类型：deg_method（伪重复之根）、scRNA_normalization、batch_correction、doublet_detection |
| G4 | batch_correction 增加 confound 键（none/batch/patient/library_prep/site） |
| G5 | 16 个可选类型全部带 when_not_applicable 适用性谓词（含一致性族 claim_not_made、batch_correction single_sample_or_no_batch 等） |
| D2 | 冲突完整性检测运行：现存 2 处 finding（见 §五遗留） |
| P1 | 校验器三职责可运行（覆盖报告 / 语义边界 / 冲突完整性） |
三、P1 校验器三职责（验收项 2）
bio-audit validate-ontology（或 python scripts/validate_ontology.py [--json]）：
- 覆盖报告：34 类型 × 3 范式 × 6 阶段矩阵；范式声明阶段 vs 类型推导阶段； 规则反推（38 唯一规则的全部 decision_type ∈ 本体，0 缺失）； 本体→规则（34 类型全部有规则覆盖，0 待补）；backlog 待补清单展示。
- 语义边界：missing 三档合法性与使用分布；A4 design fail-closed； A2 罚分规则禁 fail-open（含合成违例检出测试）；G3 unit / G4 confound / G5 谓词； depends_on / aliases / internal_ref 不悬空；aliases 对称性（per-type ↔ aliases.yaml）。
- 冲突完整性：同 decision_type + 同 choice（归一化）不同 level 检出——
现存 2 处：
deg_method/mast（G1.1 L1 vs G1.3 L2，scRNA 内真实不一致）、multiple_testing_correction/bonferroni（G1.2 L2 vs M1.2 L1，跨范式）。 运行时不受影响（strictest 取分 + 按范式 registry 隔离），作为规则库评审条目挂账。
校验结果：0 错误 / 1 警告（bulk-DEG 骨架待补全，预期内）。
四、引擎接线（验收项 3）与 golden 回归（验收项 4）
- 聚合器：
TYPE_TO_DIMENSION硬编码（34 条）删除，dimension 从本体读取； 34 类型维度逐一与旧硬编码相同（tests/test_ontology.py 冻结守卫）。 - error_tracer：依赖图从本体
depends_on组合；旧 dependency_graph.yaml 3 条 DEG 边 逐条保留（superset 守卫测试）；scRNA/pan 新增边（如 qc_filtering→deg_method）， 修复旧图”缺失”问题（ontology-design-v1 §五），仅影响错误链报告，不影响评分。 - matcher：归一化映射从本体 input_synonyms 读取（与旧 type_aliases.yaml 8 条目
一一对应，行为不变）；同源声明仅作注释（
ParsedStep.homologous_types）， 明确不是匹配通道（§二.1，防 qc_filtering→filtering 误归一化）；未知类型 →unclassified: true（§五，评分仍走 -1 无法评估，不改评分）。 - golden 重放：20 轨迹 / 137 决策 / 0 差异（权威基线 + 仓库副本；无需更新基线， 无漂移）。pytest 38/38 通过（原 12 + 新增 26）；异 cwd 路径锚定测试通过； 72/72 数据文件与 asset_manifest.json 哈希一致（B2 未改动任何冻结资产）。
五、遗留项（挂账，不阻塞 B2 验收）
- D2 冲突 2 处修复：deg_method/mast（G1.1 vs G1.3）、
multiple_testing_correction/bonferroni（G1.2 vs M1.2）。
建议随 B5 规则治理窗口 一并裁决（改规则文本或声明 paradigm 隔离理由）。✅ 已在 B5 窗口裁决（2026-08-14）：裁决 1 = G1.3 修订（裸 MAST L2→L1，与 G1.1 对齐）； 裁决 2 = 范式隔离成立（检测器升级为范式感知 same-rule-set）。冲突数归零，golden 0 差异。 裁决书：docs/specs/2026-08-14-d2-adjudication.md。 - missing 三档运行时强制（A1-A5 交互规则）未接入 evaluator：本体已声明语义， 引擎强制需配合 H7 重补轨迹（部分决策会转”未验证”）——排期阶段 1 后半段， 届时 golden 基线按 v1.1 C4/H1 流程更新并记录漂移原因。
- unclassified 待补清单登记：matcher 已标记未知类型，写入规则库待补清单的 自动化接线留待 B5 规则治理。
- 校验器进 CI（v1.1 D1）：
validate-ontology已可脚本化（–json 输出）， CI 门槛接线排期 B6 回归体系。 - 一致性族 internal_ref 联合评分机制（G1）阶段 2+ 落地（当前仅 schema 声明）。
六、验收对照
| 验收项 | 结果 |
|---|---|
| ontology 目录完整（paradigms/stages/34 定义/aliases/校验器） | ✅ 34/34 定义，必填键全齐，ID 唯一 |
| 校验器三职责可运行 | ✅ validate-ontology exit 0；覆盖/语义/冲突三节输出 |
| 引擎读本体（dimension/depends_on/aliases） | ✅ 硬编码删除；接线测试 + 等价性守卫 |
| golden 0 差异（137 决策） | ✅ 0 差异，无需更新基线（无漂移） |