B1 迁移报告（阶段 1 骨架）— 2026-08-13
执行窗口 B · B1：单仓库骨架 + 资产迁移 + golden 0 差异 + 路径锚定 + git 重建。
依据：execution-plan-v1（§一 窗口 B / §五 快照）、refactor-plan-v1（目标形态）、
refactor-plan-v1.1（C/D/P 组）、audit-report（F 组工程卫生）、asset_manifest.json（H1）。
一、产出清单
bio-audit-v2/
├── pyproject.toml # Apache-2.0 / Python>=3.10 / pydantic+pyyaml 核心依赖
├── LICENSE # Apache-2.0 全文（拍板 #3 / H13）
├── README.md # 快速开始 + 结构 + 路径锚定 + 数据治理（F4 修复）
├── CONTRIBUTING.md # 规则贡献指南（H13，D1 治理流程）
├── CHANGELOG.md # v0.1.0 B1 条目
├── .gitignore # .env / **/__pycache__ / data 大文件 / 二进制
├── src/bioaudit/
│ ├── __init__.py # ENGINE_VERSION 0.1.0 / ONTOLOGY_VERSION 0.0.0（C1 三元组）
│ ├── paths.py # ★ 包内路径锚定（F7：零 cwd 依赖）
│ ├── engine/ # evaluator / matcher / aggregator / conflict_detector / error_tracer
│ ├── models/ # decision / rule / score / profile
│ ├── storage/ # rule_registry（C2 去重）/ event_store（日志锚定）
│ ├── api/ # run_audit / audit_decision / match_details（B3 契约前置）
│ ├── rules/ # data/{DEG,pancancer,scRNA}/ 43 规则 + ruleset.json 快照
│ ├── ontology/ # 骨架（B2 落地）
│ ├── capture/ # 骨架（阶段 2 落地）
│ ├── report/ # SnapshotTriple（C1）+ REPORT_SCHEMA_VERSION（C3）
│ ├── regression.py # golden 重放引擎（包内锚定）
│ ├── cli.py # bio-audit run / golden / audit-decision
│ └── data/ # trajectories(20) / mappings(4) / validation(5) / report(1)
├── mcp/ # MCP server 骨架（阶段 2）
├── ui/ # Streamlit 薄壳（只调 api；D1/D7/D12 修复）
├── tests/ # 12 项：golden 回归 / 引擎 sanity / 路径锚定（异 cwd）
│ └── golden/ # golden_expected_output_after.json 副本（哈希与权威一致）
├── scripts/ # golden_replay / check_no_cwd_paths / download_datasets(H3)
└── docs/migration/ # 本报告
二、迁移核对（H1 / asset_manifest.json）
| 资产 |
源（4 旧项目） |
目标 |
数量 |
哈希核对 |
| 规则（A3 统一后 DEG 血统） |
fullflow-demo/data/rules/ |
src/bioaudit/rules/data/ |
43 文件（DEG 5 + pancancer 16 + scRNA 22） |
43/43 ✅ |
| 轨迹 |
fullflow-demo/data/trajectories/ |
src/bioaudit/data/trajectories/ |
20 |
20/20 ✅ |
| validation 数据 |
fullflow-demo/data/validation/ |
src/bioaudit/data/validation/ |
5（full_audit_results / edge_case_validation / scrna_r0 / scrna_r0_pre_d5fix / validation_dataset） |
5/5 ✅ |
| mappings |
fullflow-demo/data/mappings/ |
src/bioaudit/data/mappings/ |
4 |
4/4 ✅ |
| 报告数据 |
fullflow-demo/data/report/ |
src/bioaudit/data/report/ |
1（ai_error_patterns.md） |
✅ |
| 引擎代码 |
fullflow-demo/src（D5 修复后） |
src/bioaudit/{engine,models,storage,api} |
12 模块 |
逻辑逐行核对，仅 import/路径变更 |
合计 72/72 数据文件与 asset_manifest.json 的 SHA256 逐字节一致（2026-08-13 验证）。
规则集快照：43 文件 → 38 唯一 rule_id（C2 去重，DEG 与 pancancer 5 同名文件内容全同）。
三、验收结果
| 验收项 |
结果 |
| 新仓库独立运行引擎 |
✅ pip install -e . 后任意 cwd 可运行（CLI / API / pytest 异 cwd 验证） |
| golden 0 差异 |
✅ scripts/golden_replay.py：20 轨迹 / 137 决策 / 0 差异（权威基线 + 仓库副本双跑） |
| 无相对 cwd 路径 |
✅ scripts/check_no_cwd_paths.py 0 命中；tests/test_path_anchoring.py 异 cwd 运行 12/12 通过 |
| UI 薄壳 |
✅ 只调 bioaudit.api；移除内联管道/sleep（D7）/script 注入（D12）；导出合法 JSON（D1） |
| git 全新 init |
✅ 不携带旧仓 13GB 历史（H2）；.gitignore 覆盖 .env/pycache/大文件 |
四、路径锚定变更点（F7 逐点）
| 旧（相对 cwd） |
新（包内锚定） |
| RuleRegistry(“data/rules”) |
RuleRegistry() → bioaudit.paths.RULES_DIR（file 派生） |
| RuleMatcher 读 “data/mappings/type_aliases.yaml” 等 |
MAPPINGS_DIR / "type_aliases.yaml" |
| ErrorPropagationTracer(“data/mappings/dependency_graph.yaml”) |
MAPPINGS_DIR / "dependency_graph.yaml" |
| EventStore(“logs/events”) |
~/.bioaudit/logs/events（$BIOAUDIT_LOG_DIR 可覆盖） |
| UI sys.path.insert(ROOT) 四条 |
包安装，直接 import bioaudit |
| gen_golden.py 硬编码 D:\C-file 绝对路径 |
bioaudit.regression（包内锚定，–baseline 可指定） |
五、遗留项（不阻塞 B1 验收，排期后续窗口）
- generate_scrna_r0.py / convert_* 脚本未迁移：依赖 numpy/scipy 与 5GB 数据；
留旧仓，B6（CI 数据管线）迁移并锚定
- API 契约（B3）：pydantic 输入 schema + 错误码 + paradigm 参数细化
- 本体落地（B2）：34 类型定义 + P1 校验器三职责
- 轨迹迁移器（B4）：20 条旧轨迹 schema 加 version + legacy provenance（C2）
- 规则治理（B5）：semver 校验脚本 + 冲突检查（D1/D2）+ CI
- 规则引擎 A2 修复：未知方法 L0→-1（评估器层面，engine 0.2.0 变更，需 golden 重放）
- ruleset.json 版本写死进报告（report.ruleset_version 目前 None，B5 接通）
- generate_scrna_r0 / 数据下载：H3 下载脚本 URL/SHA 待外部托管就绪
- 旧仓库归档（验收通过后按执行方案执行）