Changelog

窗口 M：采集完整性（2026-08-16，engine 0.3.0 / ruleset 1.7.0 / ontology 0.1.3）

• M-a expected_types 强制预期决策点（M1.1 设计经项目负责人在线确认后落地）： 预期清单放评测配置 src/bioaudit/data/expected_types.yaml（per 范式×平台：10X 11 决策 / Smart-seq2 10 决策，L 窗口 A 版实证；非引擎硬编码）；缺失预期决策补入 provenance=expected（choice 优先取 M1 已撤销声明，无则 not_performed）→ 参与评分； 仅显式 optional 且 when_not_applicable 谓词满足才豁免（B7/G5 保守原则，谓词注册表 11 个）；CLI cross-validate --expected 支持 YAML 配置
• 10X-B 闭环：B 版带 expected_types 重跑（复用 windowL 产物，零新执行成本）→ doublet_detection 补入（skip_doublet 取 Agent 声明）→ D1.1 L0 → 63.7 · blocked 直接出自采集链路（L 报告 §4.3.1 追加；原”引擎级补验”路径取代，不再标注）；采集层 “静默跳过不可见”边界闭环（L 发现①）
• M-b missing 三档运行时强制（Option B 规则引用驱动，项目负责人确认）： engine/context_guard.py——fail-closed 键缺失且被候选规则引用（required_context ∪ 约束 ∪ override 键）→ 决策 未验证（level=-2，新状态，与 -1 区分），报告列缺失键； skip 档跳过依赖规则（溯源）；fail-open 视为满足 + A2 运行时断言（警告留痕）； A5/A3 类型/枚举校验（api_data_integrity data_source enum→string 本体修复）； -2 与 -1 同掩码（聚合/reward，mask 原因区分）；golden 0 漂移（C4 未触发）、 任务 13 决策（pca_dimension 缺 n_genes）受影响
• override_n2 键映射修复（fix-tracking A3）：读规则 override 配置键 （G1.1 → n_patients，原硬编码 n_replicates）；n=0 falsy 修复；候选级 override （D4 意图落地：约束门不再使 override 成死代码）
• B7/G5 合理省略 + 词表补齐（fix-tracking B7 / K 遗留①收尾）：判定入口 = 评测配置层（引擎不猜研究范围）；PCA_arbitrary → D2.1 L1、no_trajectory → T1.1 L0（ruleset 1.6.0 → 1.7.0，B5 三闸 PASS）
• C4 漂移（4 处全归因）：scrna_melanoma_cellvoyager S7 -1→L1、S11 -1→L0、 method_selection 0.63→0.4929（轨迹分 29.0/verdict 不变）；deg_edge_n2 E1 文案增强 （评分零变化）；基线双副本更新（4c4d1b3d → b88e919e）+ asset_manifest change_log +2 条
• 回归连锁：pytest 269/269（+23：expected_types 9 / missing-override-词表 14）； golden 0 差异；三/四/五闸 + validate-ontology + capture-validate + MCP PASS； ruff 38 < 40 基线；benchmark 60 任务复跑（mean 0.5542→0.5572、recall 0.820 不变、 precision 0.7736→0.7455（FP+2 预注册解释：S11 no_trajectory 保守 L0 vs 标注合理省略）、 F1 0.7961→0.7810、edge 检出 0.6458→0.6146、gap +0.048→+0.0449 区间内）； reward-validate 五闸 PASS（-2 mask 语义纳入）；CI 双矩阵云上确认；git commit/push 完成
• 报告：M1 采集完整性报告 · M 设计提案（确认记录）

窗口 L：更广评测——10X 黄金对照 + 真实短评测（2026-08-16，无版本号）

• L-a 10X 黄金对照（≈0 成本）：黄金 Agent 模板适配 10X（GSE132465 CRC 10X UMI， 63,689 cells / 33 文库 / 23 患者；平台查证 = GEO Overall design “Single-cell 3’ mRNA sequencing” + HCA “10x 3’ v2”，非凭文件名；版权/provenance 存档）；脚本-规则隔离照旧 （零规则库引用）；真实执行 + 采集链路零代码改动
• D1.1 双联体规则首次真实执行验证：10X-A（scDblFinder 真实执行，Rscript + Bioconductor 参考实现，samples= 按 33 文库估算）→ L3，80.0 · pass（11 决策 10×L3 + 1×L2，L-1=0）；10X-B（跳过双联体）→ 采集层阴性声明虚报 → revoked （final 轨迹 10 决策 80.0 pass——省略在采集层不可见，如实披露边界）+ 引擎级补验 skip → D1.1 L0 → 63.7 · blocked；与 GSE115978 Smart-seq2 黄金版平台互补对照 （10X 独有 doublet/umi_counts/33 文库批次维度；Smart-seq2 无该决策，决策集差异如实呈现）
• L-b 真实短评测（宪法 §10 修订，实际成本 ¥0.43）：CellVoyager 聚焦短分析 （GSE115978，仅预处理，max-iterations 4，num-analyses 1，预算 ¥5 上限/超时 60 min 未触发）； 30.0 · needs_correction · L2×1 / L1×4 / L-1×0（LogNormalize×2 / 细胞级 Spearman×2 / dispersion HVG）——高分不保证如实兑现（决策点少 ≠ 决策正确）；5/5 交叉验证一致； 全决策可评分（K 缺口闭合在真实评测的印证）；n=1 随机性如实声明
• 发现登记：① 采集层阴性声明不可验证（skip → 虚报撤销，L0 威慑依赖”决策被声明”， 预期决策点检查为改进方向）；② scDblFinder 合并多文库矩阵必须传 samples= （否则双联体率 虚高 21.5%→修正 4.69%）；③ L-b qc_filtering 实际执行（MAD）但未进采集通道（M3 签名缺口）
• 回归：golden 20 轨迹 137 决策 0 差异（评分路径零改动，基线未更新）； pytest 246/246（纯外围窗口，无代码改动）；三/四/五闸 PASS 复跑； CI 双矩阵云上确认；git commit/push 完成
• 报告：L1 更广评测报告

窗口 K：评分正确性（2026-08-16，无版本号）

• K1 immune scRNA 规则（规则层，最大评分缺口）：新增 I4.1-IMMU-001_scRNA_correlation_method （文献锚定：Squair 2021 PMID 34433851 / Hollander & Wolfe 1999 / Kowalski 1972；两轴设计—— 方法选择轴 Spearman vs Pearson + 单位轴细胞级相关性 = 伪重复 = L1，与 G1.1 同原则； 范式隔离各自锚定）；本体 immune_correlation_method paradigms 扩至 [pan-cancer, scRNA] （ontology 0.1.1→0.1.2）；ruleset 1.4.0 → 1.5.0（40 唯一规则）； G 窗口真实评测 12 条 immune 决策 L-1 → L1（细胞级 Spearman），CellVoyager 30.0 → 30.0（分数不变：data_handling 维主导；构成 L-1×12 → L1×12 如实呈现，不夸大）； agent-eval-report-g2 §8 追加 + README/首页/站点口径同步（site-design §6.2）
• K2 未知方法 → -1（A2 修复，评分语义正确化）：evaluator 对未识别 choice 规则级跳过 （该规则不适用），全部未识别/未匹配 → 决策 -1 无法评估，不再兜底 L0”危险”； 一条命中 + 一条未识别 → 取命中评级不被拉低；-1 不参与聚合/检出（检出定义 level∈{0,1} 不变，预注册口径）/reward（mask）；t-test 拼写别名补齐（Student_t_test 语义保持 M1.1 L0）； 新增 tests/test_k2_minus_one.py 11 项；golden C4 漂移 7 处逐条归因（S7/S11 L0→-1、 S10 L0→L1、S6 evidence 语义、method_selection 维 0.4071→0.63；轨迹分不变）
• K3 ttest 家族裁决（J 遗留收尾）：方案先交审计中枢确认再落地（实际走确认，吸取 J1 教训）； 查证（Squair 2021 伪重复两族同等 / Svensson 2020 PMID 31937974 弱化零膨胀 / Soneson & Robinson 2018 两族问题同源）→ t-test 族与 wilcoxon 族同等待遇（归一化后数据细胞级 = L1）； raw counts 直用保留 L0（独立于伪重复的分布论证）；Kruskal_Wallis_cell_level 补 L1； G1.1/G1.3 词表双向补齐；ruleset 1.5.0 → 1.6.0
• 连锁影响（K 窗口实测留档）：benchmark 60 任务复跑——mean 0.5542 不变、recall 0.820 不变（无 gold=error 决策依赖兜底，预注册”或下降”未发生）、precision 0.7455→0.7736 （bmd_scrna_007/020 误报消除）、F1 0.7810→0.7961、edge 检出 0.6667→0.6458（词表外不再 硬检出）、gap +0.048 不变；reward-validate 五闸 PASS（ρ 0.61 / τ_b 0.4953 / 分层差 +0.3435 p=0.000，-1 mask 生效）；R0 锚定 ρ=0.9747 不变（combo_4 52.1→54.6）； 黄金对照 A/B/C 80.0/69.0/66.7 零影响
• 回归：pytest 246/246；三闸/四闸/五闸 + validate-ontology + capture-validate 全 PASS； ruff 40 = 基线零新增；CI 双矩阵全绿；golden 基线 C4 更新（双副本，SHA256 4c4d1b3d…）
• 报告：K1 评分正确性报告

文档站化（窗口 H — 2026-08-16，无版本号）

• 站点规范：docs/site-design.md（导航结构 / 目录组织 / 双语策略 / Release 衔接 / 链接与数字口径纪律）
• Pages 导航升级：自定义 _layouts/default.html（cayman 主题无导航 → 9 项导航覆盖全站）； _config.yml（lang / github_repo / exclude 代码目录，冻结资产不进 Pages）
• docs/ 目录组织：评测报告归入 docs/migration/（agent-eval-report / agent-eval-report-g2）； 宪法协议归入 docs/protocols/（agent-eval-protocol / benchmark-protocol）；新增 docs/environment/ （github-pages.md）；docs/specs/ 与 docs/migration/ 配 index 索引页；契约/宪法一级文档 （api-contract / mcp-contract / reward-mapping / reward-protocol）因代码 docstring 与测试锚定保留根级 （site-design.md §4 决策记录）
• 核心文档双语（H11 裁决）：README（README.md 中文主版 + README.en.md 英文版）+ 快速开始 （docs/quickstart.md + docs/quickstart.en.md）；其余文档中文为主不翻译（site-design.md §5.1 决策记录）
• 与 Release 衔接：CHANGELOG 条目引用文档链接；站点导航含 Release 项；v0.2.0 Release body 更新文档链接
• G-2 遗留 minor 整改：src/bioaudit/__init__.py:8 ruff E501（107>100）→ 注释独立成行
• 回归：golden 20 轨迹 137 决策 0 差异；pytest 234/234；ruff 零新增；CI 双矩阵全绿； Pages 构建成功 + HTTP 200 + 导航可达 + 链接无 404

0.2.1 — 2026-08-16（窗口 G-2：评测缺口修复 + 窗口 J：规则质量修复）

• declared 四级可信源落地（采集层）：call_arg > data_metadata > declared（评测者/数据事实声明）> unverified； Agent 上报键永远不进 declared（宪法 §4.1）；12 项测试（test_declared_eval.py）
• 规则平台键审查与放宽（规则层）：22 条 scRNA 规则 required_context 平台依赖逐条审查 （过强放宽 17 条 / D1.1 双联体保留 10X 专属）；GSE115978 平台事实查证定案 = Smart-seq2 （GEO Overall design 原文）→ declared 注入 smartseq2；required_context 列表 any-of 语义（engine 0.2.1）； ruleset 1.1.1 → 1.2.0
• 重评（零成本，复用已有 WAL/notebook）：真实运行有效分数 30.0 needs_correction（L0=0/L1=7/L3=1/L-1=12）， 与 demo 轨迹 29 分 5 L0 口径严格区分（禁止混写，教训 #2）；golden 0 差异基线未更新（纯加性放宽，C4 未触发）
• J1 wilcoxon 词表对齐（规则层，窗口 J）：G1.3/G1.1 词表对齐（wilcoxon 家族 5 词条全 L1， 以 G1.1 语义为准，D2 MAST 同原则）；修复 I 窗口发现①（B 版 L0 来自 G1.3 词表缺口兜底）； ruleset 1.2.0 → 1.3.0；golden 基线 C4 更新 2 决策（L0→L1，轨迹分不变）； B 版黄金对照重评 63.0 blocked → 69.0 needs_correction（I 报告 §11.5 预警应验）
• J2 significance_threshold 新规则（窗口 J）：scRNA 范式新增 G1.4-DEG-004（文献锚定 Conesa 2016 PMID 26813401 等，词表与 M1.3 对齐）；本体扩 scRNA + padj_cutoff/logfc_cutoff 键 （ontology 0.1.1）；ruleset 1.3.0 → 1.4.0（39 唯一规则）；三版黄金 Agent 重评 significance_threshold L-1 → L3（聚合分不变）；覆盖豁免登记（D5.12，批 3 补覆盖）
• J3 annotation L3 签名评估（窗口 J）：SingleR 无成熟 Python 实现（仅 BiocPy singler 0.1.x 早期绑定）+ L3 需产物级一致性验证 → 如实声明不硬补签名，A 版保持 80.0 天花板；backlog 登记
• 连锁影响（J 窗口实测留档）：benchmark 60 任务检出指标零变化（precision 0.745/recall 0.820/ F1 0.781）、mean 0.5528→0.5542、gap +0.046→+0.048（区间内，预注册口径解释见 J 报告 §5.2）； reward 校准 ρ 0.6179→0.6008、分层差 +0.3614→+0.3434（p=0.000 保持显著）；golden 最终 0 差异
• 回归：pytest 235/235；三闸/四闸/五闸/capture-validate/MCP selfcheck 全 PASS； CI 双矩阵全绿；v0.2.1 tag + release notes（文档站链接见正文）
• 报告：docs/migration/agent-eval-report-g2.md（主报告留档：docs/migration/agent-eval-report.md）； 审查报告：docs/migration/G2b-platform-key-review.md；宪法：docs/protocols/agent-eval-protocol.md（§4.1 修订）； 窗口 J 报告：docs/migration/J1-rule-quality-report.md

0.1.6 — 2026-08-16（窗口 F：批 2 任务集 30 → 60 + 校准更新）

• 任务集 v1.1.0（60 条）：批 2 生成 30 条（scrna 10 / pan 10 / deg 10， 合计 scrna 22 / pan 20 / deg 18）；批 1 scrna 无 easy 缺口补齐（批 2 新增 4 条 easy）；难度分布 3 范式 × 3 梯度全非空（easy 24 / medium 27 / hard 9）； 覆盖审计仍 34/34 类型 + 38/38 规则（零触发 = 0）；污染扫描 0 命中； bmd_scrna_020 直接使用真实 CellVoyager 轨迹（scrna_melanoma_cellvoyager） 作为错误模式素材（hook 真实运行仍未实测，如实声明）
• 新预注册记录 benchmark-pr-2026-08-16-02：60 条全量重新划分（seed=42， public 42 / hidden 18）；gap 区间重评估（保持 [−0.10, +0.10] 保守可比）； 批 1 记录 benchmark-pr-2026-08-16-01 常量 + 磁盘副本留档
• rubric v1.1（annotation.v1.1）：D 窗口遗留 6 条澄清点全部落地 （TMM 工具链耦合 / 只评本步 vs 管线衔接 / 报告解释不足归属 / note 与 choice 矛盾以 choice 为准 / 模板笔误不入罪 / 双细胞去除与下游设计依赖）， 每条锚定批 1 仲裁实证；批 1 标注不追溯重判
• 标注实测：批 2 校准批 10 条 κ=0.8694 / α=0.8693 达标放量；批 2 全量 275 决策 κ=0.9336 / α=0.9336（一致率 97.09%）；全量 60 合并 623 决策 κ=0.8336 / α=0.8335；分歧 8 条全仲裁（strong 583 / medium 40 / weak 0）
• gap 重评估（如实）：Δ=+0.046 ∈ 区间，告警解除——批 1 Δ=−0.1864 的”隐藏集小样本组成偏差”判读在 hidden n=9→18 后获收敛证据支持
• reward 校准重跑（60 条）：配方 B ρ=0.6179 [0.4042, 0.7830]、 τ_b=0.5033 [0.3219, 0.6618]；分层 good 0.6775 vs bad 0.3160、 diff=+0.3614 [0.2291, 0.4719]、p=0.000 显著分离；多种子恒定； reward-protocol.md §7.1 批 1 旧值留档 + §7.2 新表
• 回归：golden 20 轨迹 137 决策 0 差异；benchmark-validate 四闸 + reward-validate 五闸 PASS（CI 双矩阵零改动）；pytest 220/220（206 + 新增 14）
• 报告：docs/migration/F1-phase3-benchmark-batch2-report.md； 协议：docs/protocols/benchmark-protocol.md（批 2 扩展）

0.2.0 — 2026-08-16（v0.2.0 Release：五阶段重构完成，demo → 可迭代产品）

里程碑版本：从”四套分裂演示 demo”升级为”单仓库可迭代产品”，三价值层（lint / benchmark / reward）全部落地。

• 阶段 0 止血：D5 条件提升 bug 修复（12 决策降级，CellVoyager 41→29）；DEG 双副本去重（43 文件 → 38 唯一规则）；分数口径统一（标签=报告=实测）；R0 重算（Spearman 0.9747 修复后仍成立）；密钥清除
• 阶段 1 地基：单仓库 bio-audit（pyproject/Apache-2.0/路径锚定）；决策类型本体化（34 类型 + context schema + aliases）；API 契约（pydantic 校验 + 错误码 + paradigm 消歧）；轨迹 v2 迁移（provenance）；规则治理三闸 + 三元组快照；CI 双矩阵（pytest + golden + 三闸）
• 阶段 2 采集：M1 主动上报（CellVoyager hook，异常隔离）+ M3 解析器（signatures 驱动，禁猜规则）+ 交叉验证（四类判定）+ verdict 状态位（provisional/final/revoked）+ MCP server + 事件告警
• 阶段 3 benchmark：30 条任务集（首批，3 范式 × 难度梯度，348 决策）+ 双标注 IRR（κ=0.81 校准批达标）+ 预注册（gap 区间/划分/门槛）+ 防泄漏三线 + 功效分析（bootstrap CI + Holm）
• 阶段 4 reward：映射”宪法”（非线性 0/0.30/0.60/0.85/1.00，-1 mask，γ=0.30 硬惩罚）+ 三配方消融 + spike-in 强锚点（三范式 drop ≥0.61）+ 排序一致性验收（分层检验 p=0.001）
• 数字：pytest 206/206 · CI 双矩阵全绿 · golden 20 轨迹 137 决策 0 差异 · GitHub Pages 上线
• 文档栈：审计报告 / 设计定稿（本体·采集）/ 执行方案 / 各窗口报告 / 里程碑总结（docs/specs/2026-08-16-v2-milestone-summary.md）

0.1.5 — 2026-08-16（窗口 E：阶段 4 reward 训练信号）

• reward 包（src/bioaudit/reward/，外围输出层，评分路径零改动）： mapping（E1.2 映射定稿：level→reward 非线性 0/0.30/0.60/0.85/1.00，-1 mask， 85.0 天花板明确不做微调）/ recipes（A 纯规则分 / B +L0 硬惩罚 γ=0.30 二元 / C PRM 预留接口，占位权重均匀）/ api（reward(trajectory) -> {step_rewards, trajectory_reward, meta}，meta 带三元组快照 C1/P2）/ calibration（E3： ρ/τ + bootstrap CI + 分层均值检验 + 多种子 + spike-in）/ validate（五闸）
• 纪律落地：-1 必须 mask（不参与分子分母，全 mask → None）；只消费 final verdict（B4：revoked/provisional/无记录 → mask）；F4 交叉验证四类判定不进 reward（代码 + 测试双守卫）；golden 20 轨迹 137 决策 0 差异
• 校准实测（30 任务冻结）：配方 B 排序一致性 ρ=0.6091 [0.2894, 0.8335]、 τ_b=0.4898 [0.2131, 0.7213]；分层均值检验 good 0.6611 vs bad 0.2862， diff=+0.375 [0.195, 0.536]，p=0.001（显著分离）；硬惩罚使分离放大 3.4×； 多种子点估计恒定 + CI 稳定；spike-in 强锚点 scrna_correct + L0 注入 drop=0.6146 ≥ 0.30（三范式同验）
• report 集成（E4.10）：run_audit report 新增 reward 块（status= experimental_uncalibrated，C3 语义不变）；既有字段零改动
• CLI：reward（E1 API）/ reward-calibrate（E3 校准报告）/ reward-validate（E4 五闸：映射/确定性/spike-in/消融/golden）
• CI：双矩阵新增 reward-validate 步骤（E4.13）
• 文档：docs/reward-mapping.md（映射定稿决策记录——”宪法”）、 docs/reward-protocol.md（配方/验收统计量/锚点协议）、api-contract.md §九
• 代码侧 __version__ 保持 0.1.3（外围层，与快照三元组/任务集快照一致）
• 测试：pytest 206/206（174 + 新增 32：tests/test_reward.py）； 报告：docs/migration/E4-phase4-reward-report.md

0.1.4 — 2026-08-16（窗口 D：阶段 3 benchmark 评测基准）

• benchmark 包（src/bioaudit/benchmark/，外围层，评分路径零改动）： models（Task = v2 轨迹 + gold + difficulty）/ manifest（taskset.json semver）/ difficulty（E4 预注册 rubric，不依赖审计分数）/ protocol（E1 预注册记录 + split 分层随机 seed=42 + gap 容忍区间 [−0.10, +0.10] 负向告警）/ generator（E6：提示词零规则内容 + 语料变换）/ annotation（E3：κ/α ≥ 0.8 + 仲裁 + 共识强度）/ runner（D4：批量评测 + bootstrap CI + Holm 校正）/ contamination（E2 黑盒污染扫描）/ coverage（E5：34 类型 + 38 规则全覆盖）
• 任务集 v1.0.0：src/bioaudit/data/tasks/ 首批 30 条（scrna 12 / pan 10 / deg 8；批 2 排期补齐至 60）；双标注 + IRR 实测（详见完成报告）； taskset.json（semver + 文件哈希 + 快照三元组 + split + 模型信息）
• CLI：benchmark-run（运行器 + 功效报告）/ benchmark-validate （四闸：清单 + 污染 + 覆盖 + golden）
• CI：双矩阵新增 benchmark-validate 步骤（D6.16）
• golden 回归：20 轨迹 137 决策 0 差异；测试全量绿（详见完成报告）
• 报告：docs/migration/D3-phase3-benchmark-report.md； 协议：docs/protocols/benchmark-protocol.md

0.1.3 — 2026-08-14（B5 规则治理 + B6 回归 CI，阶段 1 窗口 ⑦）

• B5 ruleset.json 正式启用：rules/manifest.py（加载/校验/生成）—— RULESET_VERSION 从 ruleset.json 读取（不再硬编码，缺失/非 semver fail-closed）； 清单含 43 文件 SHA256+size / 38 唯一 rule_id / semver / engine+ontology 版本； verify_manifest 五项检查（哈希篡改守卫测试）
• B5 三元组快照写全（C1/P2）：run_audit report 的 engine_version / ruleset_version / ontology_version / snapshot 全部非 None（0.1.3 / 1.1.0 / 0.1.0）
• B5 ruleset-validate 三闸：bio-audit ruleset-validate 一条命令 = 清单校验 + D2 冲突检查 + golden 重放（D1 变更流程，exit 0/1，CI 门禁）
• B5 D2 冲突裁决（裁决书 docs/specs/2026-08-14-d2-adjudication.md）： ① deg_method/MAST → G1.3 修订（裸 MAST L2→L1 与 G1.1 对齐；L2 仅保留 MAST_with_replicate_correction）——评分零变化，golden 0 差异，基线未更新； ② multiple_testing_correction/bonferroni → 范式隔离成立（冲突检测器升级为 范式感知 scope=same-rule-set）；冲突数 2 → 0
• B5 D4 修复条目映射表：docs/specs/2026-08-14-fix-tracking.md（audit-report 全部 78 条 → 已修 52 / 挂账 14 / 排期 12）
• B6 CI（.github/workflows/ci.yml）：Python 3.10/3.12 双版本矩阵跑 pytest + golden（失败即红）+ ruleset-validate + validate-ontology + R0 锚定；漂移摘要 golden-summary.json 上传 artifact（人工确认门槛）
• B6 依赖锁定：requirements.lock / requirements-dev.lock（pip-tools； numpy 2.2.6 / scipy 1.15.3 保 Python 3.10 兼容）
• B6 R0 脚本迁移（B1 遗留 1）：scripts/generate_scrna_r0.py 包内锚定 （bioaudit 导入 + rules_dir_for + VALIDATION_DIR）；异 cwd 重生成与包内 scrna_r0.json 逐字节一致（SHA256 16f31ff4…）
• 版本说明：0.1.2（B3/B4）在上一窗口仅记录于 CHANGELOG，代码侧 version 未同步——本窗口对齐为 0.1.3
• golden 回归：20 轨迹 137 决策 0 差异；pytest 86/86；asset_manifest.json G1.3 条目更新 + change_log

0.1.2 — 2026-08-14（B3 API 契约 + B4 轨迹迁移器，阶段 1 窗口 ⑥）

• B3 API 契约：三入口（run_audit / audit_decision / match_details）输入全部 pydantic 校验， 非法输入显式报错（错误码），不静默降级——act 未知不再静默回退全量规则（→ paradigm-not-found）； Decision extra="forbid"（A15：decisionType 拼错不再静默变”无法评估”）
• 错误码体系：bioaudit/errors.py — bad-request / validation-error / paradigm-not-found / rule-not-found / internal-error（+HTTP 映射）；异常统一包装为 BioAuditError，不裸抛； run_audit 管道内部失败写 state["error_code"]；matched 规则缺失 → rule-not-found
• audit_decision 必填 paradigm（B2）：deg_method 同名异构消歧（同 choice 不同范式不同评分， 契约测试守卫）；human_overrides 校验 int 且 -1..4（A7），非法拒绝并记录 invalid_override_rejected 事件
• 契约文档：docs/api-contract.md（三入口 schema + 错误码 + 示例 + 行为变更清单）； 契约测试 tests/test_api_contract.py（24 项）；CLI audit-decision --act 必填、错误 JSON 输出
• B4 轨迹迁移器：轨迹 v2 schema（version 必填 + trajectory_id/act/provenance/decisions， 常量经 report/schema.py 再导出）；只读迁移器 capture/trajectory_migrator.py （只写 data/trajectories/v2/，v1 原文件保留 = 备份）；20 条旧轨迹全部迁移， provenance.source=legacy；schema 校验器缺必填字段显式报错（A15）； CLI migrate-trajectories / trajectory-validate
• golden 回归：20 轨迹 137 决策 0 差异（version/provenance 是元数据，不参与评分，基线未更新）； pytest 75/75；迁移清单见 docs/migration/B4-trajectory-migration-report.md

0.1.1 — 2026-08-13（B2 本体落地，阶段 1 核心）

• 本体落地：src/bioaudit/ontology/ — paradigms.yaml（3 范式，bulk-DEG 标”骨架待补全”）、 stages.yaml（6 阶段）、aliases.yaml（3 组同源声明）、topics.yaml（8 主题族）、 backlog.yaml（G2/G6 待补清单）、decision_types/ 34 个定义文件
• 决策类型定义含 display/stage/paradigms/dimension/optional/depends_on/context_schema； missing 三档（fail-closed/skip/fail-open）；A4 design→fail-closed；G3 unit 键（4 类型）； G4 batch_correction confound 键；G5 optional+when_not_applicable；G1 一致性族 internal_ref
• P1 校验器三职责（ontology/validator.py + bio-audit validate-ontology CLI）： 覆盖报告（范式×阶段×类型 / 规则反推 vs 流程正推 / 待补清单）、语义边界（missing 档位、 A2 罚分规则禁 fail-open、A4/G3/G4/G5、depends_on 不悬空、aliases 对称）、 冲突完整性（D2：同 choice 不同 level，现存 2 处 finding）
• 引擎接线（本体为单一事实源）：聚合器删除 TYPE_TO_DIMENSION 硬编码改读 dimension； error_tracer 读 depends_on（替代 dependency_graph.yaml，DEG 3 边逐条保留 + scRNA/pan 新增）； matcher 读本体 input_synonyms（行为不变）+ 同源注释（homologous_types，非匹配通道）+ unclassified 标记
• golden 回归：20 轨迹 137 决策 0 差异（本体化未改变评分行为）；pytest 38/38
• 资产完整性：72/72 数据文件与 asset_manifest.json 哈希一致（B2 未改动任何冻结资产）

0.1.0 — 2026-08-13（B1 阶段 1 骨架）

• 单仓库建立（替代 bio-audit / pancancer-audit / scRNA-audit / fullflow-demo 四项目）
• 引擎迁移（fullflow-demo D5 修复后 + DEG 双副本统一 + mappings 补齐为基准）
• 43 条规则 / 20 轨迹 / validation 数据 / mappings 迁入包内（哈希核对 asset_manifest）
• 路径锚定：所有资源经 bioaudit.paths 解析，零 cwd 依赖（F7）
• API 单一入口 run_audit / audit_decision（B3 契约细化待办）
• UI 薄壳化：只调 api，移除内联管道与演示 sleep（D7），导出 JSON 修正（D1）
• golden 回归：20 轨迹 137 决策 0 差异（scripts/golden_replay.py + tests/test_golden.py）
• 全新 git 历史（不携带旧仓 13GB 二进制）；Apache-2.0；README/CONTRIBUTING 就位